Museológico
Indumentárias
Composta por paramentos utilizados por sacerdotes salesianos. Fazem parte da coleção casulas, dalmáticas e capas pluviais, sapatos e luvas, barretes e mitras, cíngulos, alvas, entre outras vestimentas. Cerca de 300 objetos.
Ciências Naturais
A coleção de Ciências naturais do MOSB é uma das mais antigas e foi ela que deu origem ao museu. Os acervos estão divididos:
Taxidermia: coleção composta por animais taxidermizados de todas as classes, nela é possível encontrar corujas jacurutu, sucuri, tamanduá-bandeira, pombo da Austrália, dentre outros animais.
Úmida: coleção armazenada em solução de álcool 70%, composta por órgãos humanos e de animais, peixes, serpentes, escorpiões, dentre outros. São mais de 200 frascos em toda a coleção.
Geológica: composta principalmente por rochas, minerais e fósseis. Todo o acervo mineralógico (minerais) está classificado de acordo com a sua classe química. Já o acervo petrológico (rochas) está classificado por sua gênese. Também é um dos acervos mais antigos do museu datado do final do século XIX e início do século XX. Nele é possível encontrar minerais de localidades raras que fazem parte da história da Mineralogia do nosso pais como por exemplo: amostras de Goethita da famosa região de Dom Bosco – MG, Ouro Nativo da Mina na de Morro Velho em Nova Lima e Stolzita da região Sumidouro – MG. Parte dessa coleção é possível ver na exposição virtual do Google Arts & Culture.
Coleção Sacra
Coleção Sacra: objetos do século XX de uso diário nos rituais da igreja. Entre eles, relíquias, máquinas de fazer e cortar hóstias, cálices, castiçais, círios, genuflexórios, matraca, galeteiros, sacras, báculos, e muitos outros. Cerca de 800 objetos.
Coleção Imagética: composta por imagens datadas a partir do século XVI que pertenciam às igrejas salesianas ou foram doadas aos salesianos por leigos frequentadores de suas igrejas e padres missionários
Música
O acervo musical do MOSB preserva fontes que apontam para outras concepções relacionadas ao ensino musical, o que se torna um importante campo de pesquisa para a elucidação de projetos distintos do orfeonismo. Neste acervo encontramos amostras das mais variadas práticas musicais que ocorriam na cidade de São Paulo. Um dos conjuntos mais interessantes é o de música para piano, no qual existem obras de vários estilos e épocas diferentes. Do Segundo Império destacamos desde polcas, valsas, schottischs e outros gêneros de música de salão, até fantasias e caprichos de compositores como Gottschalk e Thalberg pelos quais os pianistas mais habilidosos podiam mostrar sua virtuosidade.